Sebagaimana Me 321, Me 323 mempunyai sayap di pasang tinggi, separuh-cantilever, yang besar yang dilekap dari badan pesawat keluar sehingga pertengahan sayap. Untuk mengurangkan berat dan mengurangkan penggunaan aluminum kebanyakan sayap dibuat dari kayu dan fabrik, sementara badannya dari buatan logam dengan galang kayu dan dilitupi dengan fabrik dicelup (doped), dengan galang kukuh di lantai bagi menyokong muatan.

Siri 'D' mempunyai kakitangan seramai 5 orang: dua juruterbang, dua jurutera penerbangan dan pengendali radio. Dua jurutembak juga mampu dibawa. Jurutera penerbangan menduduki dua kabin kecil, setiap seorang dalam sayap antara enjin dalam dan tengah sayap. Jurutera bertujuan memantau penyelarasan enjin dan membenarkan juruterbang terbang tanpa bimbang mengenai status enjin, sungguhpun juruterbang boleh memintas keputusan jurutera mengenai kawalan enjin dan kipas.

Berbanding Me 321, Me 323 mempunyai had muatan yang rendah antara 10–12 tan, ini merupakan kelemahan bagi pesawat yang mampu beroperasi bersendirian. Walaupun mempunyai enjin, unit berlepas bantuan roket yang digunakan pada Me 321 sering diperlukan dan dipasang di bawah sayap selepas enjin. Muatan kargo adalah 36 kaki panjang, 10 kaki lebar dan 11 kaki tinggi. Muatan biasa yang dibawanya adalah: dua lori empat tan, atau 8,700 buku roti, atau satu meriam flak 88 mm, peralatannya, peluru dan kakitangan, atau 52 dram bahan api (45 gal/252 L), atau 130 orang, atau 60 usungan.

Sesetengah Me-321 diubah suai kepada Me-323, tetapi kebanyakkannya dibina sebagai pesawat enam enjin dari awal; model awal dilengkapi dengan kipas dua bilah yang kemudiannya digantikan dengan versi logam dongakan boleh ubah ("variable-pitch").

Me 323 mempunyai kelajuan maksimum hanya 136 batu sejam pada aras laut dan kelajuan menurut dengan ketinggian (altitud). Untuk persenjataan pertahanan, ia dilengkapi dengan lima mesingan 13 mm ditembak dari kedudukan belakang (dorsal) di belakang sayap dan dari badan pesawat. Ia dikendalikan oleh jurutembak tambahan, pengendali radio dan jurutera. [2]